А можно пироги присыпать льняными семечками уже после того, как их достали из духовки. Вот и будут они сырыми. Если пироги покрыты сверху сыром, то семечки прилипнут к расплавленному сыру и будет все отлично, не будут осыпаться.
А я люблю в каши добавлять льняные семечки, только они при этом варятся. Но мне кажется, все равно какая-то польза в них сохраняется.