Flo, в боку может колоть при индивидуальных особенностях вашего организма, но не думаю, что это бы происходило с вами каждый раз.
Проблема здесь скорее всего в том, что бег начинается резко. И даже если и была разминка, то нужно начать с быстрого шага, переходящего в легкий бег.
И проблема эта вполне объяснима. Когда человек находится в состоянии покоя, организм не требует большого количества кислорода, поэтому часть крови как бы "находится в резерве". При этом большей частью она циркулирует именно в брюшной полости. Если человек дает себе резкую нагрузку, причем такую непрерывную, как бег, то мышцы требуют большего количества кислорода и заставляют организм использовать "резервную кровь". И вот эта кровь резко включается в кровоток, и находясь в брюшной области устремляются в печень и селезенку, они наполняются кровью (непривычным её количеством) и она начинает давить на стенки органа, где куча нервных окончаний.
Вот и все объяснение