В ЗАГСе смотрят паспорт, а не свидетельство о рождении.
Думаю, что без проблем поженятся брат и сестра, если у них будут разные фамилии.
Но если об этом узнают родственники, которые против этого брака, то они подадут завлечение-жалобу и этот брак признают недействительным.\
Но мне кажется маловероятным, что родные брат и сестра решили пожениться